Una cosa, en MDK está en /etc/rc.local. Si no está supongo que ese será el equivalente (que manía más estúpida lo de tocar y mover los ficheros de configuración), habría que ver cuando se ejecuta.
Yo decía ese porque es el último que se ejecuta. La otra opción es que los lances en el runlevel habitual (que suele ser el 3) y podrías lanzarlo con un fichero en el init.d y los enlaces SXXloquesea (S de start y XX la prioridad) y KXXloquesea (K de Kill) en la carpeta correspondiente del runlevel. Aunque supongo que ese fichero hara exactamente lo mismo que el rc.local y todo esto no te hará falta.
Un saludo.