Si usas Azureus abres la pestaña de lo que estes bajando, y en archivos escojes los que no quieres bajar y le das a no descargar; pero ten cuidado porque si paras el archivo y lo vuelves a poner, lo que marcaste para que no se descargara se vuelve a bajar.
Si usas el BT normal, creo que si pones los archivos que no quieres bajar en la carpeta de lo que estas descargando no se bajan.
Un saludo!