Quitar loader?
En los F2A cuando solo se graba un solo juego por defecto no se graba el loader, eso usando el FAW 3.1
Tu problema radica en la propia rom. Debes recortarla para que te ocupe 252,74 Mb para que te cargue perfectamente, de lo contrario te grabara la rom pero se te quedara el logo de Game Boy parado sin poder acceder al juego. Para ello utiliza el gbatools0.6, removespace o FAT
Un saludo