Personalmente, te recomiendo que como cliente de torrents uses el Transmission, es mucho más completo que el Download Station ese y te quitará la mayoría de los problemas que te encuentres.
Para crear torrents con transmission en el synology no es evidente, tendrías que conectar por ssh al NAS y en esta dirección está el binario para poder crearlos a mano /volume1/@appstore/transmission/bin
DS212j> ./transmission-create -h
Usage: transmission-create [options] <file|directory>
Options:
-h --help Display this help page and exit
-p --private Allow this torrent to only be used with the specified
tracker(s)
-o --outfile <file> Save the generated .torrent to this filename
-c --comment <comment> Add a comment
-t --tracker <url> Add a tracker's announce URL
-V --version Show version number and exit