Si te has bajado la libogc precompilada, en teoria solo tienes que indicarle donde esta instalada poniendo las variables de entorno DEVKITPRO y DEVKITPPC apuntando a los directorios correspondientes /path/to/devkitPro y /path/to/devkitPro/devkitPPC .
Suerte, porque a mi _nunca_ me ha funcionado a la primera y he tenido que ir haciendo virguerias, sobre todo cuando no son programas que funcionan con la libogc "basica" , sino que usan librerias extra tipo libfat, soporte usb, la tarjeta sd, etc. (La ultima vez que compile un programa modificado para wii tuve que compilar la version de cvs, luego añadirle un .o de la libogc precompilada que estaba en cvs pero que no construia el .o, y añadirselo a mano para que compilase mi programa)
Te recomiendo que mires antes como funcionan makefiles y demas, porque sino no vas a entender por que ocurren algunos errores de compilacion o linking.
para el wad-manager, que creo que usa sd y usb, creo que te hara falta descargarte la cvs, parchearla con soporte usb, añadirle libfat y soporte sd que no se si viene por defecto, compilarla, instalarla, y entonces podras intentar compilar tu wad-manager modificado.
( Donde compilar e instalar la version cvs deberia ser tan facil como hacer make y make install ) Como decia, suerte
!