Es lo que yo hago, no descargo desde el update oficial, simplemente tengo los repositorios que me interesan, para cuando surge una actualizacion, como el caso de dolphin que hizo funcionar el real wiimote, instantaneamente vi eso, compile, probe y taran!!! A jugar se ha dicho.
Te recomiendo, mirar
aquiEn mi caso, es para Linux, pero ahi, tienes que elegir, en que entorno quieres compilar.
Si quiero compilar el core de bsnes, esto es lo que hago desde el directorio raiz.