Si que se puede guardar la configuracion en un disco, es una opcion que esta en el "menu inicio" (se que no se llama asi pero no se como llamarlo) debajo del submenu knoppix (por lo menos en la 3.1 si), lo unico que despues al arrancar en vez de dejar arrancarlo solo has de poner en el boot "knoppix floppyconfig" o "knoppix floppyconf" (solo uno de los dos es valido pero no recuerdo cual)