Entonces... ¿ni siquiera lo puedes ver desde el Administrador de discos de Windows o GPARTED de Linux? Raro, raro. Eso huele a chamusquina, entonces.
Yo que tú me aseguraría bien. Mira que el disco esté perfectamente bien conectado a la caja (al ser de tipo SATA no vas a tener que preocuparte de jumpers de configuración) y conéctalo al PC. Si usas Windows, en el Administrador de discos te tiene que aparecer el disco (con o sin letra de unidad) en la lista de discos conectados. Te cargas la partición que tiene (si ves que no puedes tener acceso a ella de absolutamente ninguna forma) y creas una nueva del tamaño que quieras. La formateas y listo.
Si en Windows no puedes hacerlo, hazlo en Linux (por ejemplo, con el CD de Ubuntu cargándolo en modo Live), a ver qué tal.
Si ni eso funciona, vete mirando de cambiar esa caja externa.