En Linux tenemos una utilidad libre, conocido como ffmpeg... es realmente imresionante y potente. Sólo te digo que lo usan en Google, Youtube y demás webs de este estilo (y otro tipo de programas y empresas) para convertir "al vuelo" los videos que le llegen a casi cualquier formato.
Prueba esto:
ffmpeg -i archivo.flv -s qcif -r 12 -ac 1 -ar 8000 -b 30 -ab 12 salida.3gp
Aunque sólo con:
ffmpeg -i archivo.fl salida.3gp
Creo que debería funcionar.
Si el comando no es válido:
sudo aptitude install ffmpeg.
Si hay cualquier problema, ya dirás.
