En el caso de que usaras KDE, en la página http://www.kde-apps.org hay bastantes convertidores, sin embargo no he probado ninguno por lo que no te puedo recomendar alguno en especial.
Yo he usado un script que funciona a partir del mencoder (un conversor de video de los mismos que el mplayer) y es muy sencillito y me ha ido muy bien. Es el siguiente
Si quieres tener mas control sobre lo que se le hace al video tienes dos opciones, usar directamente el mencoder o usar el transcode, los dos hacen bien el trabajo, pero para mi gusto tienen demasiadas opciones, aunque tienen frontends y gui's a montones.
Finalmente decir tambien que alguien de este foro ha hecho algo similar al tovid, no se que tal funciona pero seguro que para cualquier duda te la resolveran aqui. El hilo es el siguiente
Puedes probar Ksvcd o usar Mencoder con cualquiera de sus GUIs (gmencoder, kmencoder...). SI lo pasas a MPG luego el k3b puede hacer q el mpg se grabe a VCD en la sección de proyectos (New VCD project).
