Para poder hacer eso, es bien especial, tiene ciencia pero es simple.
La Wii por defecto tiene un slot SD, por lo que logicamente hay solo una y para el uso comun solo una particion. Por lo que nintendo solo lee la primera particion, y el HBC tambien.
Pero lo bueno es que software como el SD/USB Loader busca todo almacenamiento disponible, tambien encuentra las particiones disponibles.
Entonces que hacer, creas una particion PRIMARIA de 256MB (que será la que leerá Nintendo, el HBC y detectara el Loader pero da =) y una secundaria con todo lo restante que será la que ocuparas para los juegos.
OJO: debes tener el CIOS 10 y el Loader 1.5 o equivalente para asegurarte que funcionara.