Como comprenderás eso es hasta peligroso, así que incluso en Windows el autorun esta desechado y te pregunta por una lista de opciones y entre ellas esta el autorun. Asi que para ambos casos deberías configurar cada PC para que ejecutara el autorun o archivo que desearas.
En modo solo lectura... flashear algun img custom de un cdfs por ej, antes lo usaba yo para meter isos en pendrives y hacerlos bootables, tambien es el sistema que usan viejos pendrives que tienen su suite con autorun y tal en particion extra de solo lectura.
Ademas, avisado estas de antemano, por defecto en GNU/Linux NO PODRAS usar ningún ejecutable desde un medio externo, debera estar dentro del sistema y marcarlo como ejecutable (fat32/NTFS no te va a permitir eso
).
Así que, lo mas cómodo y seguro es dejar el archivo que desees en la raíz del dispositivo y si quieres el resto de archivos ocultos. En Windows aun es posible con el autorun.inf (aunque yo uso ya otro mas seguro y avanzado que no sea propenso a sobreescribirse por virus claro
) para modificar icono, opciones de menú emergente de la unidad, nombre y opcion al meterse por defecto en la unidad (no al explorarla).
Si es para presentaciones de pendrives de propaganda lo mas facil es lo de autorun con carpetas ocultas y en GNU/Linux bien veran eso oculto y podran ver su contenido por defecto si lo deseas para que lo ejecuten (ya que si es un pdf tendrá seguramente un lector para estos preinstalado).
Si ofreces mas detalles, se te daran mas soluciones.