@Verd Seria desinstalando la actualización correspondiente. Para ello entras a:
Configuración de la Consola > Gestión de datos > Nintendo 3DS > Datos adicionales (o Contenido descargable)
El lío es que posiblemente cada vez que intentes entrar al juego correspondiente (y más si estás con la consola conectada a internet) te va a saltar el mensaje de que hay una actualización disponible y es posible que no te deje abrir el juego en tanto no actualices. Aunque habría que probarlo a ver si realmente es así o si deja jugar normalmente sin actualizar.