Pues para desfragmentar un FAT32 desde linux lo vas a tener mal, porq no hay desfragmentadores en Linux, ya q el sistema de archivos es muy diferente.
Existía por ahí una aplicacion q hacia algo parecido a una desfragmentación en linux, pero solo funcionaba en ext2-ext3, así q lo mejor q puedes hacer es usar el desfragmentador de windows.
