Si tienes swapmagic 3.6 no necesitas meter nada en la MC.
Los elf que quieras ejecutar los puedes meter en cualquier dispositivo USB empezando por el mismo disco duro que se usa para jugar los que usen el USBadvance. Si no tienes disco duro USB cualquier dispositivo vale, no tiene porqué ser un pendrive. Con un mp3 o una cámara de fotos que cualquiera tiene por ahí se puede hacer (al menos en teoría). Sólo hay que seguir esas sencillas instrucciones: crear carpeta SWAPMAGIC en el raíz del dispositivo USB y poner allí los elf que quieras (empezando por el propio USBADVANCE si lo usas) con los nombres que han dicho. ¿para qué gastar la escasa capacidad de la MC si no es necesario?. Yo ya no uso la MC nada más que para guardar partidas.
Respecto a lo que preguntas de si la cambinacion de teclas de la MC y el USB son las mismas cual arrancaría, yo creo que por lógica el USB prevalecería,ya que el SM 3.6 parece que está especialmente diseñado para leer elf desde dispositivos usb. Ahora bien, esto no lo he probado y, con un poco de suerte, espero no tener nunca que probarlo.