lo que tienes que hacer es que cargue primero el HD que tiene linux para poder cargar lilo o grub, asi podrás elegir entre los dos. Si cargas primero el HD de windows carga directamente el windows(que es como lo tienes).
Para poner el otro HD que arranque al inicio, depende de la placa se puede hacer desde la BIOS y sino poniendo como master ese hd.
PD: Yo lo he entendido así xq no te explicas mu bien jeje
Salu2