Hombre, yo para eliminar fotos en iPhoto, las marco para seleccionarlas, y uso Cmd + tecla de borrar, y ya está. Luego vacío la papelera de iphoto, y ya está.
Si lo que quieres es que al importar sólo guarde una copia, te vas a preferencias del iPhoto, avanzado, importación y marcas la casilla.
Espero haberte ayudado, yo nunca he tenido problemas con eso, de hecho tengo la fototeca, en un disco externo, para no ocupar espacio de mi iMac.
