Un archivo de texto plano, es un archivo de texto plano, aqui y en Pekin. En GNU, en mswindows, en OSX, en Android, o en la tostadora
Un JPG es un JPG en todas partes igual. Igual con un MP3, o con un ODT, etc.
Antes de que probases a usar GNU/linux, probablemente habias bajado cientos de JPG's y otro tipo de archivos desde servidores web de internet, usando mswindows, no? Pues adivina que sistema operativo usan la mayoria de dichos servidores web: GNU/linux. Y nunca tuviste problemas para usar uno de esos archivos, no?
Lo que has hecho con tu FTP es lo mismo, pero en tu casa.
Microsoft tiene a la gente engañada con que GNU es incompatible con todo lo que la gente usa, cuando es totalmente
falso.
Lo que quiza hayas leido es que el _formato_ de las particiones en el disco duro es diferente, pero eso es irrelevante una vez que copias el archivo mediante red, pendrive, etc.