Hasta donde yo se, el soporte nativo de NTFS desde linux aun no permite escritura de manera segura (lectura si)
Hay un proyecto llamado... Captive NTFS si no recuerdo mal, que basandose en unos drivers de windows, permite eso, pero no lo he usado y no se que tal funciona.
Mi consejo es que te hagas una particion adicional en FAT32 que ambos sistemas entienden perfectamente, y ahi pongas las cosas comunes.
No he comprobado si emule y amule pueden usar los mismos temporales, pero en principio deberia funcionar sin problemas.
