Hace mucho que no uso windows, pero en una ISO de un programa había thumbs.db por todas partes, y no había imágenes...
Los archivos ocultos es algo que no va a cambiar, al menos a corto plazo, la verdad es que es un poco molesto, deberían hacer que al copiar a dispositivos externos en NTFS o FAT32 no se copiasen (En HFS+ daria igual porque seria para usarlo en otro Macintosh...)