Vamos a ver, para firmar algo tienes que hacerlo desde el trucha, no desde la carpeta en la que lo has extraido
Extraes el main.dol, lo editas de lo que sea. Ahora abres el trucha y reemplazas el main.dol de la ISO por el tuyo (Con botón derecho también)
Luego click derecho encima de la partición 1, lo firmas y le das a close ISO.
Es imposible perderse xD