Aunque hay otros foros más apropiados para esto, te diré la manera de la que lo hice yo.
Para empezar tienes que volver a colocar el HD en la XBox con el evox y el programa Config magic. Con él, lo ejecutas y te dará la opción de unlock HDD. Le das y el disco duro ya lo podrás formatear tranquilamente. Después cuando coloques el HD nuevo, si le metes de nuevo el Config Magic podrás bloquear el nuevo HD y así podrás desactivar el chip, si es que el tuyo tiene esa opción, y aun así la XBox seguirá funcionando. Mas que nada por si te apetece cojerte el Xboxlive.
Saludos.
PD: igual hay formas de desbloquearlo sin meterlo en la XBox pero estuve buscando y esta es la única forma con la que lo conseguí.