No, no tiene nada que ver con los formatos de PC, es un formato propio de la PS2, por eso has de quitar todo lo de PC del disco, por que ni el Sistema Operativo del PC reconoce lo de PS2, ni la PS2 reconoce lo del PC.
El formateo se puede hacer de las 2 primeras maneras que has dicho. Desde el Hddloader y desde el hdl-dum o winiip (que es el otro programa para instalar juegos).