A ver, no vayamos a meter la pata... Yo recomendaría que hicieses lo que te dice Edguy, es bastante más rápido y puedes elegir entre partición usando el sistema de archivos NTFS o FAT32 (NTFS es más recomendable).
Si lo haces utilizando un disco de arranque de windows 98 no podrás hacer una partición en NTFS, sólo en FAT32, aparte de que te tengas que comer un poco la cabeza con el FDISK si de un principio tenías la partición en NTFS.
Saludos