No sé si sabes cómo funciona las TVs de con CRT (tubo de rayos catódicos, o sea, las no planas), pero tienen un cañón de electrones que lanza un haz de electrones que redibuja la pantalla 50, 60 ó 100 veces por segundo (eso es lo que quiere decir 50, 60 o 100 Hz en las teles).
Pues bien, el haz empieza en la esquina de arriba a la izquierda y va horizontalmente repintando los puntos (que pierden su intensidad pasados unos nanosegundos y tienen que ser "repitandos" todo el rato). Cuando ha pintado una linea horizontal baja a la siguiente y así hasta pintar toda la pantalla (y entonces vuelve a la esquina de arriba a la izquierda).
Pues bien, en general lo que sabe la pistola en todo momento es dónde está el haz de electrones, gracias a que tiene un sensor de "luz" en el cañón, de forma que cuando tú apuntas a un pixel y disparas, en el momento en que el haz pasa por ese pixel para redibujarlo la pistola se entera de la posición en que apuntas y se lo dice a la consola (y el juego ya hace lo que tenga que hacer).
Es una versión simplista para explicarlo, pero es más o menos así.
Saludos!