Lo de formatear la cosola para pasarla a estado de fábrica no se te ha ocurrido o lo que quieres es quitar sólo alguna basura y algunas demos inñutiles?. No sé pero los juegos me los quedaría.
A mí también me regalaron una PS3 (una Súper Slim de 500 GB) que traía algunos juegos (o quizá eran actualizaciones, la verdad es que no lo sé); así que la formateé con la opción rápida y quedó perfecta.
En el menú seleccionas la opción de formatear y te pregunta si el formateo quieres hacerlo rápido o lento (no sé si en la FAT es igual, pero imagino que te aparecerá algo similar). Cuando acaba la operación, habrás dejado el disco duro vacío.