Mira haz lo siguiente, yo lo tengo así desde el primer día.
Yo cuando me vine de Windows tenía una carpeta con una colección de música considerable, bien organizada en una carpeta, cuando llegué a iTunes me copió tooodos los archivos otra vez, y yo no quería eso, para que no te los copie tienes que ir a iTunes/Preferencias/Avanzado y desmarcar las dos primeras opciones que te marca. La de manterner organizada la carpeta iTunes Media y la de Copiar a iTunes Media los archivos añadidos a la Biblioteca.
Ya está, ahora siempre que añadas un disco a tu biblioteca, colócalo como quieras y dónde quieras y simplemente arrástralo a la ventana de la biblioteca de iTunes.
Cada uno supongo que tenemos una manera de organizar la biblioteca, yo metí toda la música dentro de la carpeta de música del Mac, y queda así Music/ABBA/ABBA - 1993 - Greatest Hits, por ejemplo.