Pues técnicamente sólo hay que meter los archivos y compilar el disco ISO 9660. Claro que para mejorar la compatibilidad con el lector de la consola, muchos recomiendan que la compilación se lleve al menos 1 GB. ¿Cómo se logra esto?: con archivos 'dummy', o sea basura.
Hay formas más o menos profesionales de hacer esto, pero te doy una receta de cocina: Usa Nero, o cualquier programa para grabar discos a partir de una compilación (CloneCD/DVD es un copiador ciego). Si tu compilación es muy pequeña, entonces búscate un par de archivos grandes cualesquira que hagan que sume más del GigaByte. Cualquier archivo sirve, puede ser un DLL de PC, un ZIP, no importa. Déjalos sin extensión y ponle nombres como 'basura' ó 'relleno'. Cuando vayas a hacer tu compilación, agrega el primer dummy, luego unos archivos útiles, el segundo dummy, y más archivos útiles, en ese orden. Luego graba tu disco y listo.
EDITO:
...Perdón, eso fue para los ejecutables DOL con aplicaciones, emuladores, etc. Las imágenes ISO de juegos que no midan 1.35 GB (1.459.978.240 bytes exactamente) se arreglan con FSTFIX 1.5, que es un programita de linea de comando. No uses el 1.4. Demás está decir que se supone tienes tu GOD original. Y en caso de grabar una imagen que tú mismo has descargado de la consola al PC, pues sólo revisa que mida los bytes que te puse. Si la extensión es GCM, cámbiala a ISO.