La verdad es que sin tener el programa delante es muy dificil indicarte.Una vez que tienes el programa correctamente instalado con sus drivers,tienes que poner las roms que quieras meter en el cartucho descomprimidas.No se la extension del archivo pero lo conoceras porque es el mas grande.Estos archivos debes de ponerlos en un sitio que te resulte facil de encontrar en el programa del flash (por ejemplo en el escritorio).
Luego pinchas los archivos y los arrastras a la parte inferior de la ventana del programa de flash,y le das a la tecla de cargar juego.
Es muy complicado de explicar sin el programa delante,espero que te haya sido de alguna ayuda