Si tienes un disco duro grande, puedes poner el vídeo a pantalla completa mientra lo ves, y hacer una grabación de la pantalla sin comprimir. Después de ver capítulo, coges el video de 200 GB y lo comprimes con una codificación buena. La h.264 con qp = 20, preset = slower puede darte buenos resultados, para el audio te vale cualquier codificación porque tampoco pesa mucho.
Adicionalmente, puedes hacer una macro en el navegador que vaya abriendo los capítulos uno a uno mientras termina. Pero lo lógico esque lo vayas grabando mientras lo ves.