Con Nero lo que tenes que hacer es seleccionar DVD de Video, seleccionas todos los archivos que estan dentro de la carpeta video_ts en el disco duro y los colocas dentro de la carpeta video_ts que te crea Nero dentro de la nueva compilacion.
la carpeta audio_ts te la crea automaticamente, aunque no es necesaria en los Reproductores de DVD mas modernos, se crea por compatibilidad con los reproductores mas antiguos que esperan que este en el dir raiz del DVD.
Saludos.