Según investigué en su momento cuando quería ponerle el Thunderbird a mi novia, la herramienta Import no servía para recuperar tus cuentas, datos y mails de otra instalación, sino para importar desde otros clientes distintos a Mozilla como Eudora, OE, etc. Lo que yo hice fue meter todos los mails en una carpeta como /home/usuario/Mail o C:\Docs And Settings\Usuario\.....\Mail poniéndolo en Tools -> Account Settings y Tool -> Options (de este último no me acuerdo exactamente). Así, lo que tienes que hacer cuando quieras ponerlo en una nueva instalación será cosa de copiar la carpeta MAIL que pusiste en la configuración, y el ~/.thunderbird o C:\Docs....\Usuario\Datos de programa\Thunderbird que es donde está tu configuración personal de preferencias y cuentas.
Investiga un poco más, porque no es el cliente que yo uso.
Saludos.
