Guarda en el juego normal y corriente como si del original se tratase, si mal no tengo entendido, en SC lo que hace eso es guardar el save en la sram. Una vez hayas guardado en el juego de manera normal, tienes que pulsar L+R+Select+A y te aparecerá un menú como el del real time save.
SC Normal Save
Save Load
Lo típico, para guardar pues a save y el Load no lo toques porque no hace falta tocarlo, se carga la partida automática al cargar el backup desde la SC.
Por cierto, al cargar partida una vez hayas guardado así te dirá que la partida está dañada, tu ni caso, dale a continuar y verás que funciona perfectamente.
Un saludo.