En mi caso, usando thunderbird, guarda todo en:
C:\Documents and Settings\usuario\Datos de programa\Thunderbird\Profiles
Mira si vees algo parecido, Firefox lo hace dentro del directorio Mozilla directamente (no en Thunderbird)
Yo lo que hago es zipear el directorio que hay dentro, cuando reinstalo todo, ejecuto una vez, configuro algunas cosas para que cree la nueva carpeta default y luego chapeo todo con los datos que zipee.
Aver si hay suerte....
En todo caso habia algunos programas tipo Mozilla Backup o algo asi, para hacer un backup de los mails...
