Yo tengo también una Mega I con mod de Hz e idioma y una Genesis 32X, y me funcionan perfectamente vía EverDrive todos los juegos NTSC, incluso el Sangokushi IV, que es NTSC-Jap.
Revisa que estén todos los cables bien conectados, y la fuente de alimentación (es la misma que para Mega II, creo recordar).