Es muy complejo y supongo que esos hacks fueron hechos por empresas que pagaron a trabajadores con conocimiento de ensamblador (ingenieros) o incluso he llegado a pensar que la misma capcom pudo hacer alguno.
Para hacer eso tienes que desensamblar (¿se dice así?) los archivos que hay dentro de la rom, estudiarlos por medio de ingeniería inversa, modificar la parte exacta que quieres cambiar y volver a esamblarlo. Después tendrás que modificar algo del código fuente del emulador para poder jugarlo.
En mi opinión eres mucho mas feliz sin meterte en todo ese lio, a menos que haya otra forma mas sencilla de hacerlo.