Buenas compañero, lo primero de todo, gracias por responder.
Al final lo que hice fue una copia de mi emuNAND con las herramientas Emutool y NxNandManager. No he probado a restaurar, pero supongo que cualquiera me servirá en caso de emuNAND corrupta.
En mi caso era una partición oculta de Atmosphere, así que no bastaba con copiar el archivo. Aun así echaré un ojo a los hilos que me comentas a ver qué tal.
Saludos.