Sencillo.
Coges lo que hay dentro de tu carpeta (el directorio USRDIR y SYSDIR) del parche, la carpeta X y PSP/GAME no.
Ahora extraes de tu ISO original el BOOT.BIN, EBOOT.BIN y el UMD_DATA.BIN.
Sustituyes el BOOT.BIN que has extraido por el que tienes dentro de la carpeta SYSDIR del parche y tambien metes el EBOOT.BIN del original que has extraido.
Creas una carpeta nueva que se llame PSP_GAME y ahi metes USRDIR, SYSDIR y los ICON1.PNG, SOUND.AT3 y demás.
Ahora coges el UMDGen o mejor, el VCDRomX y arrastras la carpeta PSP_GAME que has extraido y el UMD_DATA.BIN y reconstruyes la ISO.
Facilito.
Saludos