A ver, no nos desviemos del tema: el ActionReplay y GameGenie modifican EL CODIGO FUENTE DEL JUEGO; éste está en la ROM del cartucho, pero el AR ó GG actúa de puente haciendo que al acceder a cierta dirección de ROM, el valor que se devuelve sea el que metiste en el código y no el que está grabado en la ROM.
No sé cómo funcionan internamente, pero quizá, como dice Gas-o, primero se pase todo el contenido de la ROM del cartucho a memoria interna del AR, y luego se "parchea" con el código y se ejecuta desde esa memoria interna del dispositivo.
Yo personalmente creo que no funcionan así, pienso que es más efectivo monitorizar el bus de direcciones hasta que aparezca la dirección introducida en el código; hasta ese momento, los datos devueltos son los de la ROM del cartucho.
De todas formas, esto no soluciona la pregunta planteada en el inicio del hilo, puesto que los parches que pudieras hacer para modificar las características de los jefes no serían permanente, aunque al menos ya sabrías qué dirección de ROM tendrías que cambiar...