Las aplicaciones(apps) las puedes poner en el disco duro, pero necesitaras la targeta modificada( o eso creo ) para lanzarlas , las apps las copias al hdd y en las opciones que salen en la targeta( ahora no recuerdo bien, ya que hace mucho que no lo uso)al arrancar desde ella, cambias la ubicación del loader, indicándole al programa donde se encuentra el loader.
De todas formas tal como te comenta el compañero, si preguntas en el foro del ps2, seguro habrá gente que sabrá decirtelo mejor, suerte y un saludo.