Hola.
Tienes que instalar el siguiente plugin: "k3bmonkeyaudioplugin".
Lee los archivos "Install" y "Readme" para saber como instalarlo.
Al principio te saldrán errores. Son problemas de dependencias. Mira a ver lo que falla en los mensajes de error e instálalo con el gestor de tu sistema hasta que ya no te salga ningún error. Una vez hecho esto, abre el K3b y selecciona "Nuevo cd de audio" y arrastra los fichero "ape" (o el "cue") en la ventana que aparece. A partir de aquí, ya podrás grabarlos o convertirlos a otro formato.
Si no reconoce los ficheros "ape" es que no se ha instalado el plugin correctamente por lo que tendrás que repetir los pasos de instalación, fijándote mucho, mucho en los mensajes de error que te de que, en principio, serán simplemente problemas de dependencias, osea, otras cosas que hay que instalar.
Saludos, espero haberte ayudado.