A ver, tienes la estructura de carpetas bien (apps/snes9x/boot.dol)? Has renombrado el dol/elf a boot.dol (o boot.elf)? Tienes conectado algún sd gecko?
Instalar un canal de snes (o de lo que sea) se hace a partir de un wad. Pero para qué quieres un canal, si ya tienes instalado el Hombrew Channel.