Las MD tiene la capacidad de tener salida en PAL y NTSC, pero estan bloqueadas por hardware para una sola opción. La cpu puede consultar que salida tiene ese hardware en concreto además de discernir si es JAP o no (también bloqueado por hardware).
Algunos juegos consultan esos valores y si no coinciden con su región sale la pantallita en cuestión. Por lo que se deverias crear un parche para cada rom si quieres hacer lo que dices.
La solución más senzilla para saltarse esta protección y elegir en que región (50,60 incluidos) está la consola es colocar 2 palancas (2 switchs).
Si buscas por inet suguro que encuentras muchos tutoriales.