Al desinstalar los juegos (de PS Vita) se eliminan todos los archivos relacionados con él (salvo los trofeos, que deben ocupar nada y menos), así que no creo que se instalen tantos archivos innecesarios.
Siempre he pensado que la mejor manera de mantener limpio un sistema, sea consola o PC, es sabiendo lo que instalas y dejas de desintalar. Si bien es cierto que con la scene puedes instalar un porrón de cosas extra (emuladores, PSP, PSX) pero ocurre como con los juegos de PS Vita, si desintalas el juego se elimina todo, salvo save states si no me equivoco, que son fáciles de eliminar; basta con eliminarlos desde el XMB de PSP para juegos de PSP / PSX y los savestates de los emuladores se suelen generar en la propia carpeta de ROMs del respectivo emulador.