He de asumir que tienes bastantes conocimientos hardware, si es así puedes probar lo siguiente:
Haz copia de tu eeprom.bin, pasalo al PC y guárdalo como oro en paño.
Descarga el HDD Regenerator 1.51 de ...........
Crea un disquet o un cd, según te sea mas cómodo y arranca con el junto con el hdd de la xbox pinchado en ese PC y el programa empieza a verificar.
Ese programa es muy lento, si el disco duro tiene 300 Gigas o mas puede tardar 24 Horas o mas...
La ventaja es que da lo mismo el formato del hdd pues no lo toca, si tiene sectores defectuosos, intentará recuperarlos, en un 60% de los casos tiene éxito en la recuperación.
Personalmente lo he usado con bastantes buenos resultados.