Prueba con cmd+h y verás que al hacer cmd+tab se restaura lo que habías ocultado.
No obstante, sigo sin entender qué sentido tiene hoy en día la función de minimizar. Usando las aplicaciones maximizadas puedes cambiar entre ellas con cmd+tab (como ya todos sabemos) y si es para cambiar entre ventanas de la misma aplicación, o Exposé o Mission Control. Podéis hacer lo que queréis mucho más rápido y sin necesidad de tener que ir con el ratón hasta el icono de minimizar ni usar el atajo de teclado ni de montar estos circos. A las malas usas cmd+h para ocultar la ventana que se restaura sola al hacer cmd+tab.