Pues eso mismo pregunté yo el otro dia, y bueno, he estado haciendo pruebas y es como dice Marklar.
Si quieres meter partidas, las metes en el directorio .saves que hay dentro del root en el pogoshell (a partir de la version 1.2).
Lo malo es que por lo que he visto, si metes una partida desde el pc, luego la partida no se graba en la sram en el formato comprimido de pogoshell, sino que ocupa tanto como cuando tu la metes, en cambio si grabas la partida desde el principio con pogoshell ocupa muchisimo menos. No se si lo he expicado bien pero bueno, si hay alguna duda ya sabes.