Muchas gracias por contestar. La verdad es que lo que me comentas funciona (incluso con MKV que era lo que principalmente quería), aunque tiene un pero: como el audio track tenga un delay (shift) todo se va al garete. Incluso poniéndole el valor correspondiente en campo shift del avidemux, al montar el vídeo parece como si no hiciera efecto y el audio se desincroniza.
Seguiré investigando a ver. De momento se me ocurre:
- Extraer el audio ac3 del mkv con el mkvextract
- Convertir el audio ac3 a wav con transcode (se hace un dowmix a estereo, pero como no tengo sonido 5.1 me da igual): transcode -i audio.ac3 -y null,wav -o audio.wav
- Normalizarlo y añadirle un silencio al principio con sox: sox --temp . -S --norm audio.wav tmp.wav pad "$delay"
- Convertir el tmp.wav a mp3 con el lame
- Añadir el mp3 como nueva pista de audio otra vez al mkv con el mkvmerge
- Y rezar para que funcione
