Coincido con el compañero en que la mejor orientación podría ser la opción B, aunque lo mejor sería que probases ambas e hicieras mediciones para comprobar cual te da mejores temps, ya que a veces, lo que es mejor "sobre el papel" no lo es en la realidad...
En mi opinión, la opción B es mejor ya que la entrada de aire del disipador recibe directamente la corriente de aire fresco que entra desde fuera a través del frontal de la torre, lo que parece indicar que haría que contase con una más aire y más fresco que la opción A.
La opción A, por contra, parece que contaría con menos aire en la entrada del fan del disipador y este, al estar justo encima de la gráfica, podría estar más caliente que el aire en la posición B. A favor de la configuración A estaría que la orientación del disipador iría a favor del movimiento natural del aire caliente, que tenderá siempre a subir...
Si tuviera que quedarme con una, sería la opción B.