Para dividirlo pero dejarlo en formato m2ts, puedes usar el tsMuxeR. Búscalo en Google, hay muchos tutos que dicen cómo usarlo, y tiene opción de dividir el archivo resultante en el tamaño que quieras. Puedes hacer el proceso directamente sin necesidad de pasar a MKV. Pero si quieres pasar a MKV, puedes extraer las pistas de audio y video con el tsMuxeR, y luego crear el mkv con el mkvtoolnix.
